Dr. Fabiana Perocchi
Charakterisierung Kalzium-induzierter Regulation von mitochondrialem Stoffwechsel und programmierten Zelltod
Genzentrum
Ludwigs-Maximilians-Universität München
Feodor-Lynen-Str. 25
81377 München
Email: perocchi@genzentrum.lmu.de
Forschungsgebiet
Um sich an ein wandelndes Umfeld anzupassen, müssen Zellen Signale aussenden. Jüngste Fortschritte in der Mitochondrien-Forschung zeigen, dass Mitochondrien eine Schlüsselrolle in der Wahrnehmung und Signalaussendung der Zelle spielen. Als eine Reaktion auf Reize aus der Umwelt und energetische Anforderungen während der Wachstums- und Entwicklungsphase, durchlaufen diese Organellen dynamische und komplexe Umgestaltungsprozesse in Bezug auf Form, Motilität, Metabolismus und Proteom. Eine mangelhafte Beteiligung der Mitochondrien an den Signaltransduktionskaskaden ist tatsächlich die häufigste Ursache von angeborenen Stoffwechselstörungen. Sie wird außerdem mit nahezu allen altersbedingten Erkrankungen sowie Autoimmunerkrankungen, Herzleiden, Diabetes und Krebs in Verbindung gebracht.
Obwohl wir bereits erhebliche Fortschritte bei der Identifizierung mitochondrialer Proteine in verschiedenen Geweben und Organismen gemacht haben, wissen wir bisher noch wenig darüber, wie diese individuellen Teile als Reaktion auf sowohl physiologische als auch pathologische Reize koordiniert werden.
• Welche molekularen Verbindungen bestehen zwischen zellulären Signalen und mitochondrialen Antworten?
• Welche mitochondrialen Proteine erfassen, modulieren und propagieren zelluläre Signalkaskaden?
• Wie wird der mitochondriale Signal-“Werkzeugkasten” reguliert?
• Was passiert, wenn mitochondriale Signalwege beeinträchtigt sind und auf welche Weise könnte dies therapeutisch behandelt werden?
Unser Ziel ist es, mitochondriale Signaltransduktionskaskaden zu charakterisieren, welche als Antwort auf physiologische und pathologische Reize auftreten. Wir entwickeln experimentelle und rechnerische Strategien, um die Effekte von genetischen und chemischen Störungen verschiedener mitochondrieller Funktionen vorherzusagen, zu testen und aufzuheben. Unser Ansatz ist systemisch, weil er sich der großangelegten und unvoreingenommenen Untersuchung von mitochondrialer Physiologie bedient. Er ist außerdem integrativ, weil er heterogene und dennoch komplementäre Datensätze miteinander kombiniert.
Mitarbeiter
Jennifer Wettmarshausen
Anja Leimpek
Utkarsh Tripathi
Dr. Yiming Cheng
Dr. Matteo Gorza
Simge Yuz
Dr. Nisha Verma
Publikationen im Rahmen von BioSysNet
Rorbach J, Boesch P, Gammage PA, Nicholls TJ, Pearce SF, Patel D, Hauser A, Perocchi F, Minczuk M (2014). MRM2 and MRM3 are involved in biogenesis of the large subunit of the mitochondrial ribosome. Mol Biol Cell 25(17):2542-55.
Publikationen vor BioSysNet
Baughman JM*, Perocchi F*, Girgis HS, Plovanich M, Belcher-Timme CA, Sancak Y, Bao XR, Strittmatter L, Goldberger O, Bogorad RL, Koteliansky V, Mootha VK (2011). Integrative genomics identifies MCU as an essential component of the mitochondrial calcium uniporter. Nature. 476(7360):341-5.
Perocchi F, Gohil VM, Girgis HS, Bao XR, McCombs JE, Palmer AE, Mootha VK (2010). MICU1 encodes a mitochondrial EF hand protein required for Ca(2+) uptake. Nature. 467(7313):291-6.
Gohil VM*, Sheth SA*, Nilsson R, Wojtovich AP, Lee JH, Perocchi F, Chen W, Clish CB, Ayata C, Brookes PS, Mootha VK (2010). Nutrient-sensitized screening for drugs that shift energy metabolism from mitochondrial respiration to glycolysis. Nature Biotechnology. 28(3):249-55.
Gagneur J, Sinha H, Perocchi F, Bourgon R, Huber W, Steinmetz LM (2009). Genome-wide allele- and strand-specific expression profiling. Molecular Systems Biology. 5:274.
Xu Z*, Wei W*, Gagneur J, Perocchi F, Clauder-Münster S, Camblong J, Guffanti E, Stutz F, Huber W, Steinmetz LM (2009). Bidirectional promoters generate pervasive transcription in yeast. Nature. 457(7232):1033-7.
Perocchi F*, Mancera E*, Steinmetz LM (2008). Systematic screens for human disease genes, from yeast to human and back. Molecular Biosystems. 4(1):18-29.
Perocchi F*, Xu Z*, Clauder-Münster S, Steinmetz LM (2007). Antisense artifacts in transcriptome microarray experiments are resolved by actinomycin D. Nucleic Acids Research. 35(19):e128.
Perocchi F, Jensen LJ, Gagneur J, Ahting U, von Mering C, Bork P, Prokisch H, Steinmetz LM (2006). Assessing systems properties of yeast mitochondria through an interaction map of the organelle. PLoS Genetics. 2(10):e170.
PRESS AND MEDIA
Mystery of the mitochondria
June 22, 2011
The Broad Institute | Blog
Cell's linchpin protein found: Discovery ends 50-year search for calcium channel
June 19, 2011
Harvard University | The Harvard Gazette
Mitochondrial mystery demystified
June 17, 2011
The Broad Institute | News and Publications
Celebrating prize-winning MGH research
April 22, 2011
Massachusetts General Hospital | MGH News
Cracking Open a Cell Biology Mystery
August 8, 2010
The Broad Institute | Research News